En 1841, luego de explorar la zona, Bernardo Philippi, presenta al intendente de Valdivia, José Ignacio García Lagos, un proyecto de colonización alemana de la provincia y que fue enviado al gobierno de Santiago con fecha 18 de agosto de 1842. El ministro del Interior, Ramón Luis Irarrázabal, acepto gustoso los planes de colonización pero no tomaría medidas concretas aun.
En estos años Philippi junto a una firma de Valparaíso y la familia Kindermann comprarían terrenos al sur de Valdivia, a orillas del río Bueno, donde establecerían a los colonos que llegasen a la zona. El fundo se llamaría “Santo Tomas” (rebautizado mas tarde como “Bella Vista”).
En 1844 Philippi renueva su proyecto de colonización frente al gobierno y el intendente de Valdivia, Salvador Sanfuentes Torres, presenta el 15 de julio de 1845 un informe a la Moneda donde les hace ver las circunstancias favorables para realizar el proyecto de colonización.
El 18 de noviembre de 1845, el gobierno de Manuel Bulnes, dicta la Ley de Colonización Selectiva, permitiendo así la venida de colonos a las zonas del sur de Chile, es decir desde Arauco al seno de Reloncavi.
“… para que en seis mil cuadras de los terrenos baldíos que hai en el Estado pueda establecer colonias de Naturales y Extranjeros que vengan al país con animo de avecindarse en él y ejerzan alguna industria útil; les asigne el numero de cuadras que requiera el establecimiento de cada una y de las circunstancias que lo acompañaren; para que les auxilie con los útiles, semillas y demás efectos necesarios para cultivar la tierra y mantenerse el primer año.”
En agosto de 1846 llegaría a Valdivia el velero “Catalina” con los primeros 34 colonos que se instalarían a orillas del río Bueno en los Llanos de Osorno. Los inmigrantes que arribaron entonces a Valdivia era: Georg Aubel (herrero), Johann Bachmann (carpintero), Lorenz Hollstein (mueblista), Bernard Henckel (zapatero), Johannes Ide (constructor de molinos), Joseph Jaeger (jardinero), Heinrich Kramer (pastor ovejero), Heinrich Kramm (hortelano) y Nikolaus Ruch (herrero).
Lamentablemente los terrenos asignados a estos colonos ya no estarían accesibles.
En noviembre de 1846 se decretaba la construcción del edificio de la escuela de primera enseñanza en Arique con aportes del gobierno.
En febrero de 1848 se negocia en Roma, entre el ministro chileno Ramón Luis Irarrázaval y las autoridades de la Iglesia, el envío de una expedición de capuchinos italianos destinados exclusivamente a Valdivia.
El 18 de marzo de 1848 Ignacio Agüero y Guarda con el Protector de Indígenas Pedro José Montesinos y por orden del Intendente Juan Francisco Adriasola, toma posesión de las ruinas de Villarrica, cumpliendo una orden del Presidente Manuel Bulnes que da una pensión de 10 pesos mensuales al cacique Catrilef.
El 30 de agosto de 1848 el Presidente Manuel Bulnes dispuso de la creación de una Gobernación Marítima para Valdivia. Esta se instalo en el puerto de Corral hasta que fue trasladada a Valdivia en 1940.
El 26 de octubre de 1848 el Intendente de Valdivia Juan Francisco Adriasola declararía nulas las compras de terreno realizadas por Franz Kindermann y Johann Renous.
El gobierno encargaría, en 1849, a Wilhelm Frick y al ingeniero Agustín Olavarrieta el reconocimiento y mensura de las tierras fiscales de la provincia. El informe elaborado a raíz del procedimiento indicaba la existencia de tierras fiscales en Valdivia, Puyehue, alrededores de la laguna Llanquihue y Osorno, todos de escasa superficie.
El 1° de enero de 1849 desembarcan en Valdivia los padres Lorenzo de Verona, Constancio de Trisabio, Feliciano de Estrevi, Pablo de Royo, Francisco de Sasari, Adeodato de Bolonia, Amado de Bra, Romualdo de Ciudad Nueva, Tadeo de Pfatter, Constantino de Voire y Constantino de Pouzon con el encargo del gobierno de levantar misiones en la provincia. Se harían cargo de las misiones de Valdivia, San José de la Mariquina, Quinchilca y Río Bueno.
En junio de 1849 el Promotor Fiscal Juan de Dios Barril, a causa de esta compra, interviene ante el Juzgado de Valdivia demandando a Kindermann y Renous. El Promotor Fiscal aducía que la compra no se ajustaba a derecho ya que los terrenos eran de particulares y no fiscales como se pensaba. Lo anterior hacia creer en la inexistencia de los Títulos de Comisario otorgados por el Estado a huilliches. Esta demanda en si era muy importante ya que evidenciaba el total desconocimiento de la propiedad huilliche en la zona de colonización.
En comunicado oficial de fecha 4 de enero de 1850 el intendente de Valdivia Juan Miguel Riesco al ministro del interior Antonio Varas informaba textualmente:
“VieL ha desistido enteramente del proyecto de comprar la isla perteneciente a la Municipalidad de esta ciudad y en virtud de este desistimiento hemos sido de opinión, tanto la corporación, como yo, Pérez y otros vecinos de enajenarla en pequeñas hijuelas a los últimos colonos venidos de Hamburgo en la barca Hermans... Por todas estas razones ha determinado la Municipalidad venderla a censo irredimible a los colonos de la Hermans, sacando mucho más provecho que el que ofrecía Viel, pues los alemanes dan por el termino de cinco años lo mismo que este ofrecía, y después siguen o aumentando cincuenta pesos cada año hasta el completo de quinientos pesos, que viene a ser el importe total del censo que seguía dando anualmente la isla; por consiguiente se ha obtenido doble beneficio, puesto que Vie1 solo había ofrecido doscientos cincuenta pesos anuales.”
El 29 de junio de 1850, arribaría el “Helena” con un numeroso grupo de colonos alemanes reclutados por Vicente Pérez Rosales y Bernardo Philippi, estaban liderados por el ex – diputado Karl Andwanter Figg. Estos colonos se asentarían en la Isla Teja y la comprarían a la ciudad de Valdivia “en venta pública y enajenación perpetua para siempre jamás a censo irredimible”, según consta en escritura publica fechada el 18 de diciembre de 1850.
En este año también se llevaría a cabo un Censo de Inmigrantes alemanes. En ese año (1850) había 212 inmigrantes de los cuales 113 eran hombres y 99 mujeres.
El 16 de octubre de 1850 se dictaba un reglamento para la cárcel de Valdivia. Este reglamento contenía un titulo para el Alguacil Mayor junto a sus atribuciones. Correspondía al Alguacil Mayor la inspección de la cárcel en su régimen económico. Era su deber proponer a la Intendencia y al Juez de Letras las medidas que creyera convenientes para el mejor servicio de la cárcel, que no estuviera dentro de sus atribuciones disponer. Debía fomentar los trabajos industriales en que se ocuparan los reos, y proponer arbitrios para la intalaci6n de los talleres. Tenia además que conservar en su poder una copia del inventario de los útiles en poder del Alcaide, y pasarles revista cada dos meses. Finalmente, debía cuidar que el alcaide cumpliera con los deberes de su destino, y que el reglamento de la cárcel se observara con absoluta exactitud.
El 7 de diciembre de 1850 por disposición del gobierno de Manuel Bulnes se lleva a cabo la fundación de la villa de San José de la Mariquina.
La candidatura de Manuel Montt a la presidencia mantenía un gran apoyo por parte de Valdivia. La oposición estaba representada por unos pocos funcionarios públicos, entre los que se contaba el Administrador de Aduana, Manuel Iñiguez.
El 18 de diciembre se concretaba la compraventa de la Isla Valenzuela. El agrimensor Santiago Reuter se encargo de dividir los terrenos llegando a 48 lotes. Según lo estipulado en el contrato de compraventa los propietarios debían pagar inicialmente $250, al que se agregaban anualmente 50 pesos hasta llegar a $ 500. En febrero de 1851 el gobierno aprobaría la venta. En 1853 se levantaría un plano de la isla que seria suscrito por el Procurador de la Municipalidad, Miguel Bravo Aldunate; el Intendente Vicente Pérez Rosales y Tomas Albarracin, testigos y los 47 propietarios.
En 1851 el colono Karl Anwandter fundaría una cervecería en la Isla Valenzuela (actual Isla Teja). En abril de 1852 solicitaba además autorización para instalar una Botica en Valdivia que sustituiría a la del Estado, pobremente abastecida.
Hacia 1851 el Colegio de Valdivia se encontraba en una situación muy deficitaria. El director del establecimiento solicitaría a las autoridades nacionales el cierre del Colegio y su refundación además de su reestructuración completo. Las autoridades dispondrían de una reestructuración del Colegio, sin cerrarlo.
En 1851 se fundan las colonias de San María a orillas del río Cruces, La Unión, Cudico y Pampa de Negrón.
En 1853 se fundaría el Club Alemán como una forma de mantener unidos a los colonos recién llegados a Valdivia. También se establece bajo el alero de Karl Anwandter el primer “Servicio de Bomberos” de la ciudad. Además en este año, la Cervecería Anwandter se constituye en la "Sociedad Anwandter Hermanos", lo que, al aumentar su capital, le permite entrar en una etapa de modernización y expansión de sus instalaciones.
El 12 de febrero de 1853 se fundaría el Cuerpo de Bomberos de Valdivia, la segunda del país, luego de Valparaíso.
En agosto de 1855 la Corte Suprema emitía su fallo en el caso seguido contra Renous y Kindermann por compra fraudulenta de tierras huilliches. La sentencia decía:
“… se ordena por el Supremo Gobierno al Intendente de Valdivia que mandase sobreseer en esta Causa por las razones que en él se expresan, lo cual importa verdadero desistimiento de la demanda promovida por la parte fiscal, se aprueba la sentencia consultada el 25 de marzo último, con declaración de que debe dejarse a Kindermann en quieta y pacifica posesión de los terrenos comprados a los naturales que se mencionan en las expresadas escrituras.”
Por un decreto ley del 4 de diciembre de 1855, se incluía a la provincia de Valdivia en las restricciones a las ventas de tierras indígenas. Estas acciones debían estar sujetas a la determinación del intendente.
Una medida para arraigar a los nuevos colonos en el país que adoptaban fue la promulgación del Decreto del 18 de julio de 1856 sobre Naturalización de los colonos en Chile. El artículo 1º decía:
“Artículo 1º. Los extranjeros que se establecieren como colonos en Chile i que desearen naturalizarse, manifestaran su designio ante la municipalidad del departamento en que residen”… “harán esta manifestación ante una comisión compuesta del Intendente i de dos de los alcaldes.”
El Gobierno a través del Ministerio del Interior instruía al Intendente de Valdivia (6 de septiembre de 1856) para que: “Todos los dueños de terrenos o propiedades rurales adquiridos de indígenas o de quienes se declaren por tales al contratar en el territorio de la provincia de Valdivia desde enero de 1845 en adelante, sea que los hayan adquirido por compra a los indígenas o de cualquier otro modo, deberán hacerse tomar razón de sus títulos en la Secretaria de la Intendencia, en el termino de dieciocho meses contados desde la fecha de este decreto.”
Durante abril de 1857, a petición del Intendente Juan Francisco Adriasola, se fundaban varias escuelas y liceos en la provincia, entre ellos en Corcovado, Pidei, La Unión y Río Bueno.
Durante la Revolución de 1859 las fuerzas opositoras al gobierno y a Manuel Montt acudieron y realizaron conversaciones con los caciques locales para derrocar a las autoridades de la provincia aduciendo que estaban dispuestas las autoridades a vender las tierras de los huilliches. El intendente Ruperto Solar llamaría a los “capitanes de amigos” a tranquilizar a los huilliches respecto a la venta de tierras y que no participaran de la sublevación.
El 17 de Diciembre de 1859 un gran incendio reduce a cenizas la Intendencia, Tesorería, Juzgados, Notaría, Escuela y Cárcel.
En un discurso presidencial se hace ver la necesidad de las misiones para la pacificación de los mapuches y huilliches del norte de Valdivia.
“La insurrección de algunas tribus indígenas ha destruido parte de las misiones establecidas en ella; pero se adoptan las medidas para reestablecerlas y aun para fundar otras nuevas. Dos son las comunidades regulares encargadas de este importante objeto, una a quien se ha confiado las misiones de la frontera de Arauco y otra que tiene a su cargo las de la frontera de Valdivia. Combinados los esfuerzos de ambas, los resultados serian más satisfactorios, pero esto requiere una dirección única que, sin alterar las peculiaridades de los estatutos de cada comunidad, establezca y mantenga entre ellas la unidad necesaria para el mejor éxito de sus tareas. Esta necesidad y otras análogas han sido expuestas a la Santa Sede por un Comisionado especial del Gobierno.”
(Discurso al Congreso Nacional del Presidente Manuel Montt, 1 de junio de 1860)
En julio de 1861, inesperadamente, un huracán azotaría la ciudad destruyendo algunos edificios y destrozando parte de las torres de la Iglesia Mayor.
En 1861 la provincia perdería territorio. El 22 de octubre de ese año el departamento de Osorno pasaría a formar parte de la nueva Provincia de Llanquihue. Se dejaba así el límite sur de la Provincia de Valdivia en el Río Bueno.
Este año se iniciarían los trabajos de construcción de la Iglesia San Francisco, con su casa misional, talleres, aulas y residencia. Se concluiría en 1866 y seria construido por el padre Tadeo Pfatter.
En 1863, después de algunos años de litigio, Renous y Kindermann inscriben en el Conservador de Bienes Raíces de Osorno las tierras compradas en 1846 a los indígenas, creándose así los Fundos “Llesquehue” y “Cordillera de Río Blanco”.
El 17 de enero de 1864 un incendio consume más de 300 casas entre las calles Maipú, San Francisco e Independencia. Entre los edificios que sucumbieron en el incendio se mencionan: Intendencia, Tesorería, Cuartel de Policía, Administración de Correos, Cárcel, Juzgado, Municipalidad, Cuartel de Bombas, Escuela, etc. Como dato curioso, cabe agregar que el incendio fue cortado destechando las casas y edificios de las vecindades, cuyas maderas eran el principal estimulo en su propagación.
En La Unión es asesinado el carpintero alemán Karl Witting por Narciso Quezada un 18 de septiembre de 1867. La comunidad dejo de lado las Fiestas Patrias y se dedico a buscar al asesino. Este seria arrestado y llevado a Valdivia donde se le juzgaría y sentenciaría a ser fusilado.
El 25 de diciembre el cacique Narciso Loncochino junto a 30 mocetones intentarían asaltar el pueblo de La Unión. Es reducido por las fuerzas nacionales abortándose el ataque.
El 14 de agosto de 1873, el intendente de Valdivia ordenaba al gobernador de La Unión, mandar al notario de esa ciudad que no otorgara escrituras de tierras indígenas, ya que debían ser suscritas ante él. El notario reclamó a la Corte de Apelaciones de Concepción, planteando que en julio de 1873, se había dispuesto que desde 1866 las restricciones a las ventas de tierras indígenas se redujeran a los departamentos de Angol, Lebu e Imperial. La Corte apoyó al notario ordenando al juez de letras de Valdivia, el 10 de septiembre de 1873, velar por el libre desempeño del notario. El gobierno no se conformó con esta decisión, y elevó una consulta a la Corte Suprema; el 10 de noviembre de 1873, el fiscal del máximo tribunal respondía que no había duda que el territorio de Valdivia y La Unión estaban sujetos a las reglas ordinarias y comunes sobre enajenación de terrenos pertenecientes a particulares, no importando si eran indígenas. El gobierno aceptó esta postura.
El 12 de septiembre se crea la sociedad anónima Unión de Valdivia, donde se organizan por primera vez los empresarios valdivianos (comerciantes, propietarios y empleados). La presidio José Maria Adriasola, y a través de ella se comercializan animales, cecinas, pieles, y se adquieren todo tipo de predios.
En 1874 se constituye la Sociedad Andwanter Hermanos para la elaboración de cerveza en la Isla Teja. En 1890 se convertiría en la principal productora de cerveza, sitial que conservaría hasta 1920.
El 1 de marzo de 1875 el “Servicio de Bomberos” de la ciudad pasa a denominarse Primera Compañía de Bomberos “Germania”. A esta le seguiría en 1876 la Segunda Compañía de Bomberos “Bomba Sotomayor” y la Tercera Compañía de Bomberos; en 1877 se funda la Cuarta Compañía de Bomberos “Bomba Flotante”